Serviços
Sequenciamento de Nova Geração (NGS)
Os Serviços de Sequenciamento NGS do Genoma USP são realizados nos Equipamentos NovaSeq 6000 e MiSeq (plataformas Illumina), que fazem parte do programa Central Multiusuários da USP.
Realizamos preparações de bibliotecas de DNA (exomas e genomas) e de RNA, de forma a viabilizar o acesso aos estudos de sequenciamento em grande escala a pesquisadores de diferentes instituições, com o intuito de contribuir com o desenvolvimento da ciência.
Para maiores informações sobre o Sequenciamento de Nova Geração acesse os links a seguir:
SERVIÇOS OFERECIDOS
1. Construção + sequenciamento de bibliotecas para a Comunidade Científica (Pesquisadores)
O serviço de construção de bibliotecas está disponível apenas para kits com os quais os especialistas da equipe estão devidamente treinados.
No momento, ok kits disponíveis são:
- X-Gen Exome Panel V2 - IDT – para Exomas Humanos (WES)
- Illumina® DNA PCR-Free – para genomas completos (WGS)
- ZYMO-SEQ Ribofree Total RNA Library – para RNASeq
2. Corridas de sequenciamento de bibliotecas preparadas pelo pesquisador/cliente
Nesta opção de serviço, o cliente é responsável pelo planejamento do seu projeto, pela preparação das bibliotecas (utilizando métodos compatíveis com as plataformas Illumina NovaSeq 6000 ou MiSeq), pelo envio da Sample Sheet* (identificação das amostras, index, etc - feita no Illumina Experiment Manager) e pela entrega dos reagentes para a corrida de sequenciamento (Kits Illumina).
*Caso a corrida seja realizada sem a Sample Sheet, ao invés dos FASTQs, entregaremos os dados brutos do sequenciamento.
As bibliotecas devem ser enviadas já agrupadas em um único pool (ou em até quatro pools, no caso de corrida XP loading – opção disponível apenas para NovaSeq6000).
Antes da corrida de sequenciamento, o(s) pool(s) precisa(m) ser submetido(s) a um controle de qualidade e de quantificação por análise do fragmento por Bioanalyzer ou TapeStation e qPCR, respectivamente. Recomendamos que essa etapa seja feita pela equipe do Genoma USP.
Para planejar seu projeto ou tirar dúvidas relacionadas ao experimento, favor entrar em contato com os especialistas de aplicação da Illumina: techsupport@illumina.com.
Para cotação de reagentes, favor acessar o site da Illumina (http://support.illumina.com) ou entrar em contato com a equipe de vendas (IlluminaBrasil@illumina.com).
SUBMISSÃO DE AMOSTRAS OU POOL(S) DE BIBLIOTECAS PARA SEQUENCIAMENTO NGS NO GENOMA USP
1. Acesso ao Serviço
O pesquisador/cliente que tenha interesse em enviar amostras para sequenciamento nas plataformas NGS do Genoma USP deve entrar em contato com uma das responsáveis pelo Serviço (Monica – NovaSeq6000 ou Daiane - MiSeq), preferencialmente por e-mail (seqcegh@gmail.com), para que se possa planejar a entrega do pool de bibliotecas e dos reagentes de corrida (Kits Illumina), ou das amostras para a construção de bibliotecas.
Após a aprovação do serviço, solicitaremos que o cliente preencha um cadastro, uma ficha com os dados para a nota fiscal e boleto e um formulário para a requisição de corrida ou para a construção de bibliotecas, que serão encaminhados por e-mail.
O Formulário para a Requisição de Corridas contém informações importantes para o sucesso dos experimentos, como: método de preparação das amostras (bibliotecas), “índex” utilizados, número de bases a ser lido (número de ciclos), tamanho aproximado das bibliotecas, concentração estimada do(s) pool(s), concentração de carregamento (nM), etc.
Os serviços prestados são cobrados. Seus valores são calculados com base nos custos operacionais e materiais necessários para a execução dos mesmos. Os preços terão uma diferenciação, segundo a origem do pesquisador (Instituição Pública ou Serviço Privado).
Os recursos recebidos pelo Genoma USP são revertidos para a compra de material de consumo, pagamento do corpo técnico e manutenção dos equipamentos.
Solicitamos aos clientes/usuários do Equipamento Multiusuário que insiram em suas publicações de pesquisa (artigos em periódicos, teses, dissertações, papers etc.) os agradecimentos pela utilização dos serviços se Sequenciamento NGS do Genoma USP.
2. Controle de Qualidade
2.1. Serviço de construção + sequenciamento de bibliotecas
- Os controles de qualidade (gel de agarose, NanoDrop, TapeStation) e a quantificação (Qubit) das amostras (DNA ou RNA) são de responsabilidade do cliente e deverão ser documentados (arquivos originais ou PDFs) e encaminhados ao especialista do Genoma USP antes da entrega das mesmas para a construção das bibliotecas.
- A construção de bibliotecas para sequenciamento NGS será realizada apenas se as amostras preencherem os critérios de qualidade exigidos pelo Genoma USP e/ou se houver a autorização do pesquisador responsável para o prosseguimento do serviço, que será cobrado, independente da qualidade do resultado final.
2.2. Serviço de Corridas de sequenciamento de bibliotecas preparadas pelo pesquisador/cliente
- Como foi dito anteriormente, nesta segunda opção de serviço (corridas), o pesquisador será responsável pela preparação das bibliotecas, estimativa do tamanho dos fragmentos (Bioanalyzer, TapeStation ou equivalente), montagem do pool, criação da “sample sheet”, entrega das amostras e dos reagentes para a corrida.
- Ao recebermos o(s) pool(s) para a corrida, o Genoma USP fará a checagem de quantificação do(s) mesmo(s) (qPCR) e a corrida de sequenciamento somente será realizada caso sejam preenchidos os critérios de qualidade necessários para o prosseguimento. A concentração de amostra a ser injetada ficará a critério do cliente.
3. Entrega de amostras ou de bibliotecas + kits de corrida
- A entrega das amostras (DNA, RNA) ou do(s) pool(s) de bibliotecas + reagentes para a corrida deverá ser feita pessoalmente no setor de Sequenciamento do Genoma USP. O dia e horário da entrega serão definidos e enviados por e-mail no momento da contratação entre o responsável pelo serviço do NGS e o usuário. As datas de entrega e da corrida dependerão de experimentos previamente agendados para o equipamento e serão definidas caso a caso.
- Com relação à entrega das amostras e kits é muito IMPORTANTE prestar atenção às temperaturas de acondicionamento dos mesmos: reagentes que precisam ser mantidos a 4˚C devem ser trazidos em gelo picado ou com embalagens de gelo reciclável e os que são mantidos em freezer -20˚C, devem ser trazidos em gelo seco. Existem ainda componentes dos kits que são mantidos à temperatura ambiente. Cuidado para não trocar as temperaturas!
- Na ocasião da entrega, será informada a previsão para o envio dos resultados.
- Ressaltamos que o sucesso do sequenciamento depende de uma série de fatores que são de responsabilidade do cliente, como: precisão no controle de qualidade e quantificação das bibliotecas (amostras individuais) para a montagem do pool, atenção ao preenchimento das informações constantes no formulário, acondicionamento das amostras e kits de corrida durante o preparo e transporte, kits de corrida adequados à forma de preparo da biblioteca etc.
4. Qualidade da Corrida
Em todas as corridas uma amostra de DNA controle (PhiX) será sequenciada junto com as amostras do cliente. O PhiX v3 é uma biblioteca comercializada pela Illumina, utilizada dentre outras coisas, como um controle de qualidade para o sequenciamento realizado nessa plataforma. Ele aumenta a confiança nos resultados e determina de forma simples se um erro é relacionado à preparação da amostra.
É importante ressaltar que não é possível assegurar um número mínimo de reads na corrida de sequenciamento nos equipamentos NovaSeq6000 e MiSeq. Desta forma, você precisa estar ciente de que, em caso de insatisfação com os resultados, não realizaremos a reposição de cartucho e o valor da corrida deverá ser pago integralmente.
ENTREGA DOS RESULTADOS
- Após o término do serviço do sequenciamento, o responsável pela prestação de Serviço de NGS, entrará em contato com o pesquisador solicitante fornecendo os dados para o acesso aos resultados via sftp.
- Os reads serão disponibilizados no formato da corrida original (corridas realizadas sem Sample Sheet), ou em arquivos no formato FASTQ para cada uma das amostras.
- Outros formatos, como BAM, VCFs (anotados ou não), sob consulta.
- O pesquisador terá 30 dias de acesso aos dados e deve, assim que possível, copiá-los para seu servidor, nuvem ou para um HD.
- O Genoma USP manterá uma cópia de segurança dos dados por um prazo máximo de 3 meses, contados a partir da data de entrega dos resultados. Após este prazo, os dados serão descartados.
- Sugerimos que o cliente instale em seu computador o software Sequencing Analysis Viewer, que pode ser obtido gratuitamente, juntamente com as informações para instalação, no endereço: support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/sequencing_analysis_viewer_sav.html . De posse deste software e dos arquivos da corrida original (que podem ser solicitados) o cliente terá acesso aos gráficos da corrida, possibilitando a checagem da qualidade da mesma a partir de parâmetros como “Error Rate” e “% Perfect Reads”.
VALORES E PAGAMENTOS
Valores para a preparação de bibliotecas, corridas de sequenciamento e análise de bioinformática (planilha com alinhamento, identificação de variantes, anotação de SNPs e indels para exomas ou painéis customizados e/ou planilha com identificação e anotação de CNVs), sob consulta.
Forma de pagamento: Boleto Bancário com data de vencimento para 30 dias corridos após a emissão do mesmo. Após o vencimento, encargos de 0,2% ao dia com ordens de não recebimento após 15 dias do vencimento.
Todos os e-mails referentes a pagamentos deverão ser enviados para o e-mail pagamento_cegh@yahoo.com.br, aos cuidados de Leticia.
Os dados para a nota fiscal devem ser enviados por e-mail em uma ficha que será encaminhada pelo responsável pelo Serviço.
Importante: as amostras serão processadas somente após o recebimento dos dados para a nota.
Aproximadamente uma semana após receber os resultados, o cliente receberá por e-mail a nota fiscal e o boleto bancário.
Para evitar constrangimentos solicitamos que, antes de entregar as amostras ou pool(s) de bibliotecas, o cliente verifique se será possível realizar o pagamento dentro do prazo. Caso não seja possível, solicitamos que entre em contato novamente para que possamos agendar uma nova data para que as amostras sejam enviadas somente no período em que o pagamento poderá ser realizado.
Não é necessário enviar o comprovante de pagamento para o nosso serviço, pois a verificação da quitação do boleto será realizada pela FUSP.
EQUIPE
Coordenadoras
Dra. Mayana Zatz, PhD
Dra. Maria Rita Passos-Bueno, PhD
Equipe Técnica
Daiane Gil Franco, PhD
Jaqueline Yu Ting Wang, MSc
Kelly Bagatini, BSc
Marília de Oliveira Scliar, PhD
Monica Castro Varela, PhD
Vanessa Naomi Takahashi, MSc
Victor Hugo Calegari de Toledo, MSc
Apoio técnico
Carlos Eduardo da Silva Simões
Leticia Nogueira
Ricardo Hideki Nonaka
Wagner Falciano
CONTATO
Tire suas dúvidas, solicite orçamentos ou encaminhe sugestões via e-mail ou telefone.
Plataforma NovaSeq 6000
Telefone: (11) 2648-8342 com Monica
e-mail: seqcegh@gmail.com
Nosso horário de atendimento por telefone para este serviço é de segunda a sexta das 7h30 às 12h30.
Plataforma MiSeq
Telefone: (11) 3091-0881 com Daiane
e-mail: seqcegh@gmail.com
Nosso horário de atendimento para este serviço é de segunda a sexta das 8h30 às 16h00.
Endereço:
Centro de Estudos do Genoma Humano e Células-Tronco
Setor de Sequenciamento
Rua do Matão - travessa 13, número 106
Instituto de Biociências – Universidade de São Paulo
Cidade Universitária – São Paulo – SP
CEP: 05508-090
Genoma USP - Centro de Estudos do Genoma Humano e Células-Tronco
Rua do Matão - Travessa 13, n. 106
Cidade Universitária
05508-090 - São Paulo -SP
Telefones: (11) 3091-7966 / 3091-0878
WhatsApp, só para mensagem: (11) 2648-8358
Como chegar no Genoma USP