Serviços




Sequenciamento de Nova Geração (NGS)

Sequenciamento de Nova Geração (NGS)




Os Serviços de Sequenciamento de Nova Geração são realizados na Plataforma NovaSeq 6000 Illumina, que faz parte do programa Central Multiusuários da USP.

Realizamos preparações de bibliotecas e sequenciamento de DNA (exomas e genomas) e de RNA, de forma a possibilitar o acesso aos estudos de sequenciamento em grande escala a pesquisadores de diferentes instituições, a fim de contribuir com o desenvolvimento da ciência.

Para maiores informações sobre o Sequenciamento de Nova Geração acesse os links a seguir:

 


SERVIÇOS OFERECIDOS

1.  Preparo + sequenciamento de bibliotecas para a Comunidade Científica (Pesquisadores).

O serviço de preparo de bibliotecas está disponível apenas para kits com os quais os especialistas da equipe estão devidamente treinados (opções sob consulta).

2. Corridas de sequenciamento de bibliotecas preparadas pelo pesquisador/cliente.

Neste caso, o cliente é responsável pelo planejamento do seu projeto, pelo preparo das bibliotecas utilizando métodos compatíveis com a plataforma Illumina NovaSeq 6000, controle de qualidade e quantificação de suas amostras (bioanalyzer, qPCR) e montagem do(s) pool(s). O pesquisador precisa ainda enviar a Sample Sheet, feita no Illumina Experiment Manager. A aquisição dos kits de sequenciamento pode ser realizada pelo próprio pesquisador ou pelo Genoma USP. 

O usuário interessado em enviar bibliotecas prontas para corridas no NovaSeq 6000 ou amostras de DNA para sequenciamento NGS deve entrar em contato com o responsável pelo serviço (Monica) pelo e-mail seqcegh@gmail.com, para que se possa fazer o agendamento do serviço.

Para planejar seu projeto ou tirar dúvidas relacionadas ao experimento, favor entrar em contato com os especialistas de aplicação da Illumina: techsupport@illumina.com.

Para cotação de reagentes, favor acessar o site da Illumina (http://support.illumina.com) ou entrar em contato com a equipe de vendas (Rodrigo Cortes, rcortes1@illumina.com).
 



NORMAS GERAIS DO SERVIÇO E SUBMISSÃO DAS AMOSTRAS PARA CORRIDAS NO GENOMA USP

1. Acesso ao Serviço
O usuário interessado em enviar amostras para sequenciamento no NovaSeq 6000 do Genoma USP deve entrar em contato com o responsável por este Serviço (Monica, seqcegh@gmail.com) para que se possa fazer o agendamento da corrida, bem como da entrega das bibliotecas e dos reagentes, ou das amostras para o preparo de bibliotecas e sequenciamento.

Após a aprovação do serviço, o usuário deverá preencher o Cadastro de Cliente e o Formulário para a Requisição de Corridas ou para o preparo de bibliotecas, que serão encaminhados por e-mail. 

O Formulário para a Requisição de Corridas contém informações importantes para o sucesso das corridas, como: método de preparo das amostras (bibliotecas), identificação das amostras e “índex” que foi utilizado para cada uma, concentração a ser injetada (pM), número de bases a ser lido (número de ciclos) etc. 

Os serviços prestados são cobrados. Seus valores são calculados com base nos custos operacionais e materiais necessários para a manutenção dos mesmos. Os preços terão uma diferenciação, segundo a classe e origem do pesquisador. Os  recursos recebidos pelo Genoma USP são revertidos para a compra de material de consumo, pagamento do corpo técnico e manutenção dos equipamentos. 
 
2. Utilização

2.1. Serviço de Preparo + sequenciamento de bibliotecas 

- Nesta opção de serviço, o preparo das bibliotecas para o sequenciamento só será realizado caso as amostras preencham os critérios de qualidade necessários para o estudo e/ou se houver a autorização do pesquisador responsável para o prosseguimento do serviço, que será cobrado, independente da qualidade do resultado final.

- Os controles de qualidade (gel de agarose e NanoDrop) e quantidade (concentração medida por fluorimetria – Qubit) das amostras (input) são de responsabilidade do cliente e deverão ser documentados (resultados impressos) e encaminhados ao especialista do Genoma USP antes da entrega das amostras para preparo das bibliotecas. 

2.2. Serviço de Corridas de sequenciamento de bibliotecas preparadas pelo pesquisador/cliente

- Nesta segunda opção de serviço (corridas), o pesquisador será responsável pela preparação da biblioteca, estimativa do tamanho dos fragmentos (Bioanalyzer ou equivalente), montagem do pool, criação da “sample sheet”, entrega das amostras e dos reagentes para a corrida (caso tenha optado por fazer a compra dos mesmos). 

- Ao recebermos o(s) pool(s) para a corrida, o Genoma USP fará a checagem de quantificação do(s) mesmo(s) (qPCR) e a corrida de sequenciamento somente será realizada caso sejam preenchidos os critérios de qualidade necessários para o prosseguimento. A concentração de amostra a ser injetada ficará a critério do cliente.

- A entrega das amostras e dos reagentes para a corrida deverá ser feita pessoalmente no setor de Prestação de Serviço do Genoma USP para o responsável – Monica (endereço no site). O dia e horário da entrega serão definidos e enviados por e-mail no momento da contratação entre o responsável pelo serviço do NGS e o usuário. As datas de entrega e corrida dependerão de experimentos previamente agendados para o equipamento e serão definidas caso a caso. 

- Com relação à entrega das amostras e kits é muito IMPORTANTE prestar atenção às temperaturas de acondicionamento dos mesmos: reagentes que precisam ser mantidos a 4˚C devem ser trazidos em gelo picado ou com embalagens de gelo reciclável e os que são mantidos em freezer -20˚C, devem ser trazidos em gelo seco. Existem ainda componentes dos kits que são mantidos à temperatura ambiente. Cuidado para não trocar as temperaturas!

- Na ocasião da entrega, será fornecida a previsão para o envio dos resultados.

- É importante ressaltar que o sucesso da corrida depende de uma série de fatores que serão de responsabilidade do cliente, como: importância da qualidade e quantificação/concentração das bibliotecas, atenção ao preenchimento das informações constantes no formulário, acondicionamento das amostras e kits de corrida durante o preparo e transporte, kits de corrida adequados à forma de preparo da biblioteca, etc.

- Solicitamos aos clientes/usuários do Equipamento Multiusuário que insiram em suas publicações de pesquisa (artigos em periódicos, teses, dissertações, papers etc.) os agradecimentos pela utilização dos serviços do Genoma USP.
 
3. Qualidade da Corrida

Em todas as corridas uma amostra de DNA controle (PhiX) será sequenciada junto com as amostras do cliente. O PhiX v3 é uma biblioteca de confiança, utilizada dentre outras coisas, como um controle de qualidade para o sequenciamento com a plataforma Illumina. Ele aumenta a confiança nos resultados e determina de forma simples se um erro é relacionado à preparação da amostra. 
 


ENTREGA DOS RESULTADOS

1. Após o término do serviço do sequenciamento, o responsável pela prestação de Serviço de NGS, entrará em contato com o pesquisador solicitante fornecendo os dados para o acesso aos resultados via sftp. Os reads serão disponibilizados no formato da corrida original ou em arquivos no formato FASTQ para cada uma das amostras (outros formatos, como BAM, sob consulta). O pesquisador terá 30 dias de acesso aos dados e deve, assim que possível, copiá-los para seu servidor ou para um HD.

2. O Genoma USP manterá uma cópia de segurança dos dados por um prazo máximo de 3 meses, contados a partir da data de entrega dos resultados. Após este prazo, os dados serão descartados.

3. Sugerimos que o cliente instale em seu computador o software Sequencing Analysis Viewer, que pode ser obtido gratuitamente, juntamente com as informações para instalação, no endereço: support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/sequencing_analysis_viewer_sav.html. De posse deste software e dos arquivos da corrida original enviados junto com os dados, o cliente terá acesso aos gráficos da corrida, possibilitando a checagem da qualidade da mesma a partir de parâmetros como “Error Rate” e “% Perfect Reads”.

 


VALORES E PAGAMENTOS

Valores para a preparação de bibliotecas, corridas de sequenciamento e análise de bioinformática (planilha com alinhamento, identificação de variantes, anotação de SNPs e indels para exomas ou painéis customizados e/ou planilha com identificação e anotação de CNVs) sob consulta.

Forma de pagamento: Boleto Bancário com data de vencimento para 30 dias corridos após a emissão do mesmo. Após o vencimento, encargos de 0,2% ao dia com ordens de não recebimento após 15 dias do vencimento. 

Todos os e-mails referentes a pagamentos deverão ser enviados para o e-mail pagamento_cegh@yahoo.com.br, aos cuidados de Ana Carolina. 

Os dados para a nota fiscal devem ser enviados por e-mail em uma ficha que será encaminhada por e-mail pelo responsável pelo Serviço.  
Importante: as amostras não serão processadas caso os dados para a nota não sejam enviados.

Aproximadamente uma semana após receber os resultados, o cliente receberá por e-mail a nota fiscal e o boleto bancário. 

Para evitar constrangimentos solicitamos que, antes de entregar as bibliotecas, o cliente verifique se será possível realizar o pagamento dentro do prazo. Caso não seja possível, solicitamos que o cliente entre em contato novamente para que possamos agendar uma nova data para que as amostras sejam enviadas somente no período em que o pagamento poderá ser realizado.

Não é necessário enviar o comprovante de pagamento para o nosso serviço, pois a verificação da quitação do boleto será realizada pela FUSP.

 


EQUIPE

Dra. Mayana Zatz, PhD
Dra. Maria Rita Passos-Bueno, PhD
 
Equipe Técnica 

Daiane Gil Franco, PhD
Guilherme Lopes Yamamoto, M.D., PhD
Jaqueline Yu Ting Wang, MSc
Kelly Bagatini, BSc
Marília de Oliveira Scliar, PhD
Monica Castro Varela, PhD
Vanessa Naomi Takahashi, MSc

Apoio técnico

Ana Carolina de Moura Ferreira
Carlos Eduardo Simões
Diego Lima de Carvalho
Ricardo Hideki Nonaka
Wagner Falciano

 


CONTATO

Sequenciamento NGS, plataforma NovaSeq 6000

Tire suas dúvidas ou encaminhe sugestões via e-mail ou telefone.

Nosso horário de atendimento para este serviço é de segunda a sexta das 8h00 às 16h00.
 
Endereço:
Centro de Pesquisas sobre o Genoma Humano e Células-Tronco
Setor de Sequenciamento
Rua do Matão - travessa 13, número 106
Instituto de Biociências – Universidade de São Paulo
Cidade Universitária – São Paulo – SP
CEP: 05508-090
Telefone: (11) 2648-8343 com Monica
e-mail: seqcegh@gmail.com

 

Genoma USP - Centro de Estudos do Genoma Humano e Células-Tronco
Rua do Matão - Travessa 13, n. 106
Cidade Universitária
05508-090 - São Paulo -SP
Telefones: (11) 3091-7966 / 3091-0878
WhatsApp, só para mensagem: (11) 94057-4021
Como chegar no Genoma USP