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Sequenciamento de DNA (Sanger)

Sequenciamento de DNA (Sanger)

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O serviço de sequenciamento de DNA do Genoma USP, iniciado em agosto de 2002, proporciona aos pesquisadores acesso à tecnologia de sequenciamento automático de DNA de alta qualidade.

O Genoma USP oferece sequenciamento de DNA a partir de produtos de PCR e plasmídios utilizando o ABI 3730 DNA Analyser, um sistema de análise de DNA de 48 capilares com a tecnologia Life Technologies – Applied Biosystems. As reações de sequenciamento são feitas utilizando o BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit (código 4337456). As corridas são feitas em capilares de 36cm utilizando o polímero POP7. As sequências são analisadas pelo software Sequencing Analysis 5.3.1 utilizando o Base Caller KB. Nossas reações de sequenciamento alcançam em média 600 a 650 bases.

Aviso importante - Interrupção das atividades (atualizado em 18/06/2021):

O Serviço de Sequenciamento será oferecido até o dia 09/07/2021 e depois estará indisponível no período entre 10/07/2021 a 01/08/2021 devido a necessidade de afastamento por motivos de saúde. Após esse período, o serviço voltará a ser oferecido normalmente em 02/08/2021.

Para mais informação sobre Sequenciamento Sanger acesse os links:

 


 

SEQUENCIAMENTO DE PRODUTOS DE PCR

Apresentamos duas opções de serviços. Para assegurarmos a qualidade dos serviços que prestamos, pedimos aos clientes que observem as recomendações sobre o preparo do material que nos será enviado.

Leia as Informações sobre Qualidade e Concentração das Amostras e Primers

Opção A
O cliente prepara a reação de sequenciamento em seu laboratório e nos entrega a reação pronta para ser corrida. Clique aqui para informações sobre o protocolo a ser utilizado.

Opção B
O cliente nos fornece o produto de PCR e os primers para que a reação de sequenciamento seja feita por nós.

 


SEQUENCIAMENTO DE PLASMÍDEOS

Oferecemos duas opções para a execução desse serviço. Para assegurarmos a qualidade dos serviços que prestamos, pedimos aos clientes que observem as recomendações sobre o preparo do material que nos será enviado.

Leia aqui as informações sobre qualidade e concentração das amostras e primers.

Opção A
O cliente realiza a reação de sequenciamento em seu laboratório e nos entrega a reação pronta para ser corrida. Clique aqui para ver informações sobre o protocolo a ser utilizado.

Opção B
O cliente nos fornece o plasmídio e os primers para que a reação de sequenciamento seja feita por nós.
 


 

ENVIO DE AMOSTRAS

As amostras podem ser entregues pessoalmente ou enviadas por Sedex 10.

NOTA: Durante o período de pandemia pelo coronavírus, o serviço de Sedex 10 pode não estar disponível. Verifique antes conosco a possibilidade de envio por Sedex convencional.

Endereço para envio das amostras

Centro de Estudos do Genoma Humano e Células-Tronco
Instituto de Biociências – Universidade de São Paulo
Setor de Sequenciamento de DNA
Rua do Matão – Travessa 13, número 106
Cidade Universitária – São Paulo – SP
CEP 05508-090

Amostras entregues pessoalmente podem ser trazidas em um isopor com gelo picado. Caso sejam entregues pelo Sedex 10, devem ser acondicionadas em um isopor com embalagens de gelo reciclável. Não utilizar gelo comum ou gelo seco.

Identificação dos tubos

Identifique os tubos com a amostra da seguinte maneira:

Escreva suas iniciais (em geral 2 ou 3) seguidas de um traço e do número da amostra, começando pelo número 1 ( a enumeração deve ser sequencial). Exemplo: Se Maria Rita Passos quiser enviar quatro amostras para serem sequenciadas, ela deverá nomear
os tubos como MRP-1, MRP-2, MRP-3 e MRP-4.

Para clientes da opção A – as amostras devem ser enviadas já precipitadas e secas (enviar as amostras em tubos de 0,2mL ou placas de 96 seladas).

Para clientes da opção B – As amostras deverão ser enviadas em tubos de 0,2mL já misturadas com seu respectivo primer a ser usado na reação de sequenciamento. Para cada reação de sequenciamento a ser feita, devem ser enviados 5uL de amostra já na
concentração ideal acrescidos de 2,5uL de primer a 5uM (total: 7,5uL por tubo).

Lembramos aos clientes que as amostras somente poderão ser enviadas após ser efetuado o cadastramento do cliente e após o envio do formulário de requerimento de serviço juntamente com a concentração das amostras. Após recebermos seu requerimento, uma resposta será enviada por e-mail descrevendo as quantidades de materiais que devem ser enviados, bem como concentração e tamanho dos tubos. Somente após o cliente receber essa resposta é que as amostras poderão ser enviadas para nós.

Todas as amostras serão descartadas após 4 semanas da data do sequenciamento, por impossibilidade de estocagem.

Dentro desse prazo de 4 semanas, as amostras somente serão devolvidas se a retirada for feita diretamente no Centro de Estudos do Genoma Humano e Células-Tronco, mediante aviso prévio. As amostras não serão enviadas de volta por nenhum tipo de serviço de entregas , como correios e similares.


 

ENVIO DE RESULTADOS E PREÇOS

São enviados para os clientes arquivos com extensão .ab1 contendo o eletroferograma. Cada arquivo corresponde a uma reação feita. Os arquivos podem ser abertos utilizando os softwares Chromas, BioEdit ou Sequence Scanner (softwares de análise de seqüência que podem ser obtidos gratuitamente na internet por download).

Os resultados são entregues aos clientes por e-mail.

Informações sobre critérios para cobrança

O controle de qualidade das reações é feito utilizando-se o pGEM 3Zf (+) e o primer M13 (-21) provenientes do próprio Kit de sequenciamento, que são fornecidos já prontos para uso. A reação feita com o controle, bem como todos os demais processos, será feita junto com as amostras do cliente, atestando a qualidade dos reagentes utilizados e de todos os procedimentos realizados. Caso o nosso Serviço constate que a reação com o controle não funcionou ou apresentou resultado insatisfatório, as reações do cliente serão repetidas sem nenhum custo adicional. Porém, as amostras dos clientes que não gerarem sequenciamento satisfatório deverão ser pagas da mesma maneira desde que o controle comprove a qualidade do sequenciamento.

Preços

NOTA: todos os e-mails referentes a pagamentos deverão ser enviados para o e-mail pagamento_cegh@yahoo.com.br aos cuidados de Ana Ferreira. Para o e-mail seqcegh@usp.br deverão somente ser enviadas mensagens referentes às reações de sequenciamento (envio de requerimentos, fotos de gel, dúvidas, resultados, etc).

Valores por reação para clientes da USP ou para pagamentos realizados com verba FAPESP:

Valores em vigor a partir de 14/02/2018

Opção A: R$ 14,00
Opção B: R$ 28,00

Valores por reação para clientes externos à USP e que não realizarão pagamento com verba FAPESP:

Valores em vigor a partir de 14/02/2018

Opção A: R$ 17,50
Opção B: R$ 35,00

Desconto de 10% do valor total é concedido para todos os clientes se 100 ou mais reações forem solicitadas num mesmo formulário de requerimento de serviço.

Forma de Pagamento

BOLETO BANCÁRIO com data de vencimento para 30 dias corridos após a emissão do mesmo. Após vencimento, encargos de 0,2% ao dia com ordens de não recebimento após 15 dias do vencimento.

A ficha contendo os dados para a nota fiscal deve ser enviada anexada ao e-mail, junto com o formulário de solicitação de serviço (clique aqui para fazer o download da ficha).

As amostras não serão processadas caso os dados para nota não sejam enviados.

Aproximadamente uma semana após receber os resultados, o cliente receberá por e-mail a nota fiscal e o boleto bancário. Para evitarmos constrangimentos pedimos que, antes de enviar as amostras, o cliente verifique se será possível realizar o pagamento dentro do prazo. Caso não seja possível, então solicitamos que o cliente aguarde e envie as amostras somente no período em que o pagamento poderá ser realizado.

Não é necessário enviar o comprovante de pagamento para o nosso serviço pois o pagamento do boleto será verificado pela FUSP.
 


 

CADASTRO DE CLIENTES E FORMULÁRIOS

Por favor, novo cliente, registre-se no nosso site preenchendo o cadastro abaixo. Formulários de requerimento de serviço somente poderão ser enviados após o cadastramento do cliente e recebimento da confirmação do cadastro via e-mail. As informações serão utilizadas somente para os nossos serviços, não sendo divulgadas para nenhuma outra instituição ou pessoa interessada.

Faça o download do arquivo de cadastro (clique aqui para o download), preencha no computador e envie o arquivo anexado para o e-mail seqcegh@usp.br.

Formulários

A requisição de serviço é feita com base em formulários que podem ser de quatro tipos:

Formulário 1 - Clientes da opção A (amostras entregues em tubos de 0,2mL)

Formulário 2 Clientes da opção A (amostras entregues em placa de 96)

Formulário 3Clientes da opção B (amostras entregues em tubos de 0,2mL)

Formulário 4 Clientes da opção B (amostras entregues em placa de 96)

Para o preenchimento dos formulários, fazer o download do modelo desejado, preenchê-lo no computador e enviar o arquivo via e-mail para seqcegh@usp.br, antes do envio das amostras.

Lembramos aos clientes que as amostras somente poderão ser enviadas após ser efetuado o cadastramento do cliente e após o envio do formulário de requerimento de serviço junto com a concentração das amostras. Após recebermos seu requerimento, uma resposta será enviada por e-mail descrevendo as quantidades de materiais que devem ser enviados, bem como concentração e tamanho dos tubos. Somente após o cliente receber essa resposta é que as amostras poderão ser enviadas para nós.
 


 

CONTATO

Tire suas dúvidas ou mande suas sugestões via e-mail ou telefone.

Horário de atendimento: Segunda a sexta das 8h00 às 11h45.

Nosso endereço:
Centro de Estudos do Genoma Humano e Células-Tronco
Instituto de Biociências – Universidade de São Paulo
Setor de Sequenciamento de DNA
Rua do Matão – Travessa 13, número 106
Cidade Universitária – São Paulo – SP
CEP 05508-090

Telefone: (011) 3091-0882 com Vanessa Naomi
Importante: Durante o período de pandemia e isolamento social, o atendimento via telefone poderá ser realizado somente às segundas, terças e sextas das 8h00 às 11h45.
e-mail: seqcegh@usp.br

 

Genoma USP - Centro de Estudos do Genoma Humano e Células-Tronco
Rua do Matão - Travessa 13, n. 106
Cidade Universitária
05508-090 - São Paulo -SP
Telefones: (11) 3091-7966 / 3091-0878
WhatsApp, só para mensagem: (11) 94057-4021
Como chegar no Genoma USP