Normas gerais do serviço e submissão das amostras para corridas no HiSeq2500 do CEGH-CEL

1. Acesso ao Serviço
1.1. O usuário interessado em enviar amostras para corridas no MiSeq ou no HiSeq 2500 do LabCEGH-CEL deve entrar em contato com o responsável por este Serviço (Monica) para que se possa fazer o agendamento da corrida, bem como da entrega das bibliotecas e dos reagentes. Este contato pode ser por e-mail (seqcegh@gmail.com) ou pelo telefone (11) 2648-8343.

1.2. Após a aprovação do serviço por e-mail ou telefone, o usuário deverá preencher o Cadastro de Cliente e o Formulário para a Requisição de Corridas, que serão encaminhados por e-mail. 

1.3. O Formulário para a Requisição de Corridas contém informações importantes para o sucesso das corridas, como: método de preparo das amostras (bibliotecas), identificação das amostras e “índex” que foi utilizado para cada uma, concentração a ser injetada (pM), número de bases a ser lido (número de ciclos), etc. 

1.4. Os serviços prestados são cobrados. Seus valores são calculados com base nos custos operacionais e materiais necessários para a manutenção dos mesmos. Os preços terão uma diferenciação, segundo a classe e origem do pesquisador. Os recursos recebidos pelo CEGH-CEL são revertidos para a compra de material de consumo, pagamento do corpo técnico e manutenção dos equipamentos. 

 

2. Utilização
2.1. Cada usuário/cliente é responsável pela preparação e quantificação (Qubit, Kapa ou equivalente) da biblioteca, armazenamento, entrega (das amostras e reagentes para a corrida) e pela retirada dos dados e, quando for o caso, do restante de suas amostras do nosso laboratório.

2.2. O pesquisador/cliente deve adquirir os reagentes para a execução das bibliotecas e kits para corrida. Os fornecedores (Illumina, Agilent) têm oferecido treinamento gratuito para o preparo das bibliotecas.

2.3. A entrega das amostras e dos reagentes para a corrida deverá ser feita pessoalmente no setor de Prestação de Serviço do CEGH-CEL para o responsável pelo serviço – Monica (endereço no site). O dia e horário da entrega serão definidos e enviados por e-mail no momento da contratação entre o responsável pelo serviço do NGS e o usuário. As datas de entrega e corrida dependerão de experimentos previamente agendados para o equipamento e serão definidas caso a caso. 

2.4. Os kits com os reagentes para sequenciamento mudam de acordo com a forma de preparo da biblioteca (Tru-Seq ou NEXTERA). Com relação à entrega das amostras e kits é muito IMPORTANTE prestar atenção às temperaturas de acondicionamento dos mesmos: reagentes que precisam ser mantidos a 4˚C devem ser trazidos em gelo picado ou com embalagens de gelo reciclável e os que são mantidos em freezer -20˚C devem ser trazidos em gelo seco. Existem ainda componentes dos kits que são mantidos à temperatura ambiente. Cuidado para não trocar as temperaturas! No momento da entrega faremos uma checagem dos reagentes: temperaturas de armazenagem, possíveis trincas ou vazamentos nos tubos. Em certos casos, a Illumina faz a troca gratuita para o pesquisador.

2.5. É importante ressaltar que o sucesso da corrida depende de uma série de fatores que serão de responsabilidade do cliente, dentre esses fatores destacamos: importância da qualidade e quantificação/concentração das bibliotecas, atenção ao preenchimento das informações constantes no formulário, acondicionamento das amostras e kits de corrida durante o preparo e transporte, kits de corrida adequados à forma de preparo da biblioteca, etc.

2.6. Solicitamos aos clientes/usuários do Equipamento Multiusuário que insiram em suas publicações de pesquisa (artigos em periódicos, teses, dissertações, papers etc.) os agradecimentos pela utilização dos serviços do CEGH-CEL e da agência de fomento que possibilitou a aquisição do equipamento.

 

3. Qualidade da Corrida
3.1. Em todas as corridas uma amostra de DNA controle (PhiX) será sequenciada junto com as amostras do cliente. O PhiX v3 é uma biblioteca de confiança, utilizada dentre outras coisas, como um controle de qualidade para o sequenciamento com a plataforma Illumina. Ele aumenta a confiança nos resultados e determina de forma simples se um erro é relacionado à preparação da amostra. 

3.2. Caso o nosso Serviço constate que o sequenciamento do DNA controle não funcionou ou apresentou qualidade insatisfatória, a corrida será repetida sem nenhum custo adicional para o cliente. Porém, caso as taxas relativas ao sequenciamento do PhiX estejam dentro do esperado e as referentes às amostras não, as corridas deverão ser pagas da mesma forma. 

 

4. Entrega dos Resultados
4.1. Após o término do serviço do sequenciamento, o responsável pela prestação de Serviço de NGS, entrará em contato com o pesquisador responsável pelo projeto para combinar a melhor data e horário para a retirada dos resultados e das amostras excedentes. A responsabilidade pela retirada, armazenamento e transporte dos resultados é do pesquisador/aluno responsável pelo projeto e este deverá providenciar dispositivo adequado (HD externo, pen drive, etc) para a gravação e transporte dos dados. Os reads serão entregues ao usuário ou ao seu representante no formato da corrida original ou em arquivos no formato FASTQ para cada uma das amostras.

4.2. O CEGH-CEL manterá uma cópia de segurança dos dados por um prazo máximo de 3 meses, contados a partir da data de entrega dos resultados. Após este prazo, os dados serão descartados.

4.3. Sugerimos que o cliente instale em seu computador o software “Sequencing Analysis Viewer”, que pode ser obtido gratuitamente, juntamente com as informações para instalação, no endereço: support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/sequencing_analysis_viewer_sav.html. De posse deste software e dos arquivos da corrida original enviados junto com os dados, o cliente terá acesso aos gráficos da corrida, possibilitando a checagem da qualidade da mesma a partir de parâmetros como “Error Rate” e “% Perfect Reads”.

 

5. Preços da Corrida
Ver link Preços e pagamentos.

 

6. Pagamento das Corridas
Forma de pagamento: Boleto Bancário com data de vencimento para 30 dias corridos após a emissão do mesmo. Após o vencimento, encargos de 0,2% ao dia com ordens de não recebimento após 15 dias do vencimento. 

Todos os e-mails referentes a pagamentos deverão ser enviados para o e-mail pagamento_cegh@yahoo.com.br, aos cuidados de Wagner Falciano. 

Os dados para a nota fiscal devem ser enviados por e-mail em uma ficha que será encaminhada pelo responsável pelo Serviço.  
Importante: as amostras não serão processadas caso os dados para a nota não sejam enviados.

Aproximadamente uma semana após receber os resultados, o cliente receberá por e-mail a nota fiscal e o boleto bancário. 

Para evitar constrangimentos solicitamos que, antes de entregar as bibliotecas, o cliente verifique se será possível realizar o pagamento dentro do prazo. Caso não seja possível, solicitamos que o cliente entre em contato novamente para que possamos agendar uma nova data para que as amostras sejam enviadas somente no período em que o pagamento poderá ser realizado.

Não é necessário enviar o comprovante de pagamento para o nosso serviço, pois a verificação da quitação do boleto será realizada pela FUSP.

 

7. Contato (sequenciamento de nova geração – corridas no HiSeq 2500)
Tire suas dúvidas ou encaminhe sugestões via e-mail ou telefone.
Nosso horário de atendimento para este serviço é de segunda a sexta das 8h00 às 16h00.

 

Nosso endereço:
Centro de Pesquisas sobre o Genoma Humano e Células-Tronco
Setor de Sequenciamento
Rua do Matão - travessa 13, número 106
Instituto de Biociências – Universidade de São Paulo
Cidade Universitária – São Paulo – SP
CEP: 05508-090

Telefone: (11) 2648-8343 com Monica
e-mail: seqcegh@gmail.com

 

 

 

Links relacionados a serviços NGS:

Atualizado em 21/03/2019